皇上命令魏臣督办“祛疾疫”。魏臣觉得这是推荐王叔和进宫的绝佳机会，于是在皇上面前进言，“疾病防疫的事应该让百草堂来承办。”皇上立即恩准。魏臣就跳过了分管此事的医丞、太医给事中等上级，一应事宜，直接安排王叔和统领负责事务。
怎样做到“祛疾疫防范为先”呢？王叔和做了这样几件事。其一，率太医院相关人众于都城中宣讲《祛疾疫防范为先》的有关细则；其二，组织人员对都城内的水井、涵河、沟渠及居民用水进行了全面调查；其三，令太医院向全国各地调集艾蒿进京都以备防疫瘴之用；其四，令太医院药丞部药工遴选杀毒防疫除瘴药材以督各地备筹，主要是收购艾蒿、姜蒜、酢浆草、败酱草、野菊、马鞭草、鱼腥草、算盘子、千里光等22种草药；其五，限大小官员皆佩香囊以避瘴防疫；其六，逢五月、九月，太医院医工、药工、太医等皆到太阳山采野艾蒿、野菊蒿，既做备用，又为官员必须为百姓做出表率。
王叔和将“大小官员皆佩香囊”，“22种祛疾疫常备之药”、“太医院官员五月、九月皆上山采艾蒿、菊蒿”的办法编印成手册，发放到人手一份，派送到大街小巷店铺坐商和贩夫走卒，阡陌小巷寻常百姓一手一份。皇后看到了，传递给皇上，要求皇上一道诏令下到太医院：“着太医王叔和速人福寿宫，给太皇后配制陪寝香囊。”
王叔和带着魏棘进了福寿宫，面见魏臣，立即拿出了一套方案；用陈年艾煎汤给皇后沐身。用丁香、麝香、黄香给宫女制冠，用青木香、香樟子粉、松于粉、芸香粉、檀香木、香茴花，加麝香制成香囊衣袍，亦称寿氅。用桂花、菊花、丁香、芸香、茴香制成幡佩。啥为幡佩？是古代旗的一种，上画龙蛇，乃死人出葬时为棺柩引路时用的旗，俗称魂幡，以黑布做成。古代幡旗有严格的规定。《周礼·春官·司常》：“龟蛇为旖，以黑布为之。天子广三尺三寸，长九尺；诸侯广二尺二寸，长八尺；士宦一尺一寸，长七尺。”在旗幡上加挂香佩，这可是一个创举。此外，太皇帝的梓宫用芸香、紫木檀、广木香、青木香铺底，入殓时，老人的嘴里、手里、怀里皆放入檀香、麝香、芸香制成的香圆。梓宫上路，令人抬上八个大香炉，炉内燃引用陈年艾蒿制成的艾绒加檀香末。老人出殡，可谓是“香飘十里，三日有余”。
王叔和为皇后所用的香佩之法，不仅令皇上十分满意，史称“帝大悦，常悟之”。也使一些做法演变成丧葬习俗，流传至今。譬如，用艾水给亡人沐浴，亡人入棺时用鸡蛋滚手，包括给亡人燃香等皆源起于此时的丧葬。
王叔和红了、火了，在大庭广众之前，众目睽睽之下，畅行于福寿宫内外，为百官所瞩目眼馋。
皇上下令封王叔和为“脉大师”。
王叔和成了皇上形影不离的伙伴了，皇上走到哪里都将他带到哪里，这一天走在下乡的路上，随行的军士突然倒地，象一个死人，王叔和示意太医院医工上前，给那军土摸了脉，看了眼睑，撬开嘴，察了舌象，然后说：“报告皇上，此人乃中梓油之毒，脉象虚飘，舌苔已在转黑，若能在即刻让其服下解毒丸丹，尚且有救。可眼下，到哪里去弄解梓毒之丹丸，费时一久，纵有丹丸解毒，也是枉然。”
王叔和疾步上前也看了一看，说：“回禀皇上，医工所说属实，倘若再稍迟片刻，此人便无法回生。但我有一土方，可就地取材，不需解毒丹丸，不知效否，我实无把握。”
“救人要紧，你但试无妨。”
皇上开口了，王叔和马上令人弄来一桶井水，撬开军士的嘴，往下灌水，水灌下去，那军士的肚子迅速鼓了起来。王叔和不管这些，令人继续往下灌水。这一灌就将那军士肚子里的梓油皆逼吐出来了。等吐了一阵子，王叔和又令人再灌水，水满了，那军士又吐。反反复复灌了吐，吐了灌，直至吐出的是水而没有油，方才停止。吐出了所喝的梓油，那军士昏睡了一下，徒然翻身坐起，全场顷刻欢呼雀跃。
皇上也高兴得鼓起掌来。
王叔和随皇驾与百官到城外农村巡农耕，访民事。皇上很特别，凡地方官引他去看的地方，他甚是随便，偏好自己找地方看。到了一处农庄前，只听农舍里有哭声传出，他直顾走了过去，这一去又坏了。一少妇直挺挺地躺在炕上，一老婆子哭得死去活来。围观的乡邻纷纷诉说，婆媳适才因小事争吵了一番，媳妇趁婆婆离开片刻，抱起一罐卤水一饮而尽。皇上让王叔和去看看。
王叔和诊其脉，观其眼，说：“回皇上，若有生姜一斤以上，此妇可救也。”
那婆婆连声答应：有生姜，有生姜。一群乡邻也纷纷从自己家拿出生姜。按王叔和的吩咐先擂出姜汁灌下，再熬煎姜汤续喂，半个时辰后，那少妇吐出苦卤，死而复活。
皇上目睹了全过程，对家家都有生姜之事甚为惊奇，遂问道：“尔等家家储姜，乃风俗也？”
百姓当然不知道眼前的人就是皇上，于是异口同声都说：“是皇上下的诏令，让家家积药防疫疾才有的。”
皇上听了满意地点了点头。
儿天后，各地暴雨成灾，河水、江水泛滥，灾民流离失所。皇上在都城荣昌殿召集百官议救灾之事。王叔和与魏臣共同献策，灾后中防疫万不可轻视，并附上灾后防疫的具体实施方案皇上下诏，七百里加急发往各地。