锦衣卫调整的事情颇为机密，朱由检还特意下令封嘴，甚至把文书房记录的起居注留了下来，没有把详细内容传给起居编修。
但是拿下阉党五彪这么大的动作，还是让许多人受到震动，知道锦衣卫内部有了大变。
尤其是兵部尚书袁可立，在田尔耕被拿下之后，想要按照惯例推选锦衣卫掌印时，却发现郑士毅不知什么时候成了掌印。
这让袁可立大为气恼，认为皇帝是用中旨任命官员，极大地违反朝堂规矩：
『当年我就能抗中旨，现在就没有那个勇气吗？』
『陛下如今年幼，需要老臣匡正！』
当即在处理兵部事务的常参会议上提出，应该按嘉靖以来的惯例，由兵部推选锦衣卫掌印。
知道袁可立一定会对锦衣卫的事情提出异议，朱由检把话题引向刑部，询问刑部侍郎、署理刑部尚书的李若珪道：
“李卿，你觉得锦衣卫的事情，是该归属兵部，还是归属刑部？”
李若珪抱过年幼时的天启皇帝，因此被天启皇帝称为“金胳膊老李”，在天启年间极其剧烈的党争中，得以保住自身。
他一向信奉的是明哲保身，甚至在天启皇帝驾崩后想过离职，避开朝堂纷争。
听到皇帝发问，秉承着两不得罪的想法，李若珪道：
“锦衣卫是卫所，按照常理是该归属兵部。”
“但是缉拿不法、缉捕盗贼又是刑部事务，由刑部管辖也未尝不可。”
“陛下可问问兵科给事中，要不要代替刑科佥批。”
把事情推到给事中头上，在场的兵科都给事中许可徵属于阉党，还没审核过关，当然不敢违逆皇帝的意思，说道：
“锦衣卫的事情，向来需要刑科佥批。”
“兵科不敢越权。”
这样一来，事情就好玩了。
锦衣卫的人事权在兵部，业务上却又分属刑部，所以锦衣卫的驾帖，一向由刑科佥批。
人事和业务不统一，兵部和刑科都能制约锦衣卫，但又没有完全制约的权力。最终把锦衣卫废了，在万历皇帝怠政后，“狱中至生青草”。
天启年间田尔耕、许显纯等人跟随魏忠贤害人，可以看作是锦衣卫的一次反扑。除了刘侨公开反对魏忠贤之外，锦衣卫其他人大多是默认态度。
这也是朱由检不能重惩五彪的原因，否则他以后命令锦衣卫做事时，那些人只要想到五彪的下场，就会自己退缩。
如今朱由检把事情摆到台面上，兵部和刑科顿时产生争端。早已投靠他的吏部侍郎杨景辰也来插一脚，顺着皇帝的意思道：
“锦衣卫的事情既然归属刑部，应该像其他刑部官员一样，由吏部任命。”
“兵部推选锦衣卫掌印，是侵夺吏部权力。”
这下就更乱了，袁可立想要推选锦衣卫掌印，需要先和吏部争。
朱由检听他们吵吵嚷嚷，又把话题引向户部，询问郭允厚道：
“郭卿以为，锦衣卫的钱粮应该如何拨付？”
“是按兵部管辖的卫所，还是按吏部负责的部门？”
郭允厚知道自己前段时间恶了皇帝，如今虽然原职留任，其实却没有审核过关。
既不敢违逆皇帝的意思，也不敢把文官辛苦夺来的权力让出去，模棱两可地道：
“怎么拨付都行，能省些钱粮更好。”
朱由检闻言击掌，大叫声“好”，向郭允厚道：
“郭卿所言极是，果然在用心理财。”
“朕决定锦衣卫今后改为锦衣卫监，钱粮由内廷拨付，不再经过户部。”