护军使的地位和巡抚相当，而且皇帝明确把辽东巡抚的民政事务交给了辽东护军使，群臣自然按巡抚的规格推选。
因为护军使是军职，由兵部提出候选人。兵部尚书袁可立道：
“宁前兵备毕自肃，政绩卓异，熟悉辽东事务。”
“前任辽东巡抚喻安性，因为辽东巡抚被裁撤冠带闲住。”
“前任户部侍郎董应举，曾经理天津至山海屯务，成效斐然。”
“三人皆可担任辽东护军使。”
朱由检对这几人都不熟悉，觉得没有什么不可。当即就下令道：
“喻安性、董应举起复，列入巡抚、侍郎候选。”
“辽东护军使，从他们三人中廷推。”
群臣思索一番，觉得辽东有这么多改变，要留个熟悉事务的人。廷推宁前兵备毕自肃，担任辽东护军使。
毕自肃是万历四十四年进士，也是毕自严的弟弟。想着毕自严进京主持户部后，能和他更好配合，朱由检下令道：
“辽东护军使一职，由毕自肃担任。”
“其所任宁前兵备以后不设，改为护军都尉代替，由辽东护军使直辖。”
“辽东有几个武进士？挑选他们担任护军都尉，辅佐护军使毕自肃。”
群臣面面相觑，不怎么愿意让武进士进入护军体系。
但是那么多护军官职，全用文臣根本不可能，也没有那么多文臣愿意担任护军都尉。
至于荫官，他们或许愿意。但是全用荫官的话，朝堂众臣估计能被人骂死，说他们身为大臣，只为自家子弟考虑。
最终群臣还是决定顺着皇帝的意思，挑几个武进士担任。
袁可立对武进士没有多少关注，想了好一会儿，才想出几个名字，说道：
“平辽总兵赵率教是武进士出身，多次立下战功。”
“前任平辽总兵、挂平辽将军印马世龙，也是武举出身，可以担任护军。”
“前任蓟镇总兵孙祖寿，也是武举出身。他在奉命援辽时，中途被辽东经略高第传令回防，因此被弹劾不敢战，遭到撤职处分。”
“孙祖寿担任固关守备时，练兵之余开办学校。在辽东兵败时，曾出关招揽溃兵。此人多有功绩，可以起复任用。”
实在想不出多少武进士名字，袁可立又推荐道：
“陛下不应专用武进士，曾经立下功劳的辽东赞画、兵部主事、举人孙元化，辽东赞画、副总兵茅元仪，皆可担任护军。”
朱由检微微点头，没有计较这些。现在最重要的是开先例，确定武进士能担任护军都尉的规矩，所以他下令道：
“赵率教和马世龙是大将，等孙承宗就任后任命，职位以后再议。”
“孙祖寿起复为山海护军都尉，直接辅佐辽东护军使毕自肃，和长城护军使王之臣协调长城防御。”