工部排在六部最末，也是最后调整。
之前被传言成为九卿的商周祚，这次真的成了九卿。成为六部尚书之中，排名最后的工部尚书。
他在商业、火器上表现出的才干，让朱由检很是看重。
薛凤翔被调任兵部尚书，也有给商周祚腾出位置的用意。
商周祚空出来的工部左侍郎，被群臣廷推南京户部尚书李待问接任，加正二品议政大臣衔。
此人曾任江南巡抚，也是财政上的干才。朱由检调他进京，掌管工部商务司。
工部右侍郎张文郁，职位保留不变。
他是天启二年进士，在天启年间迅速擢升为侍郎，如今开始还债——
没有大的功绩，他会在工部右侍郎上担任很长时间，直到被同科的人赶上来。
之前负责新城的规划和修建，也不过得到承政使加衔，兼任少府寺卿。
专督大工侍郎何如宠，没有达到朱由检的预期。
何如宠在上次廷推大学士时排在第三，差一点就成为大学士，因此被朱由检放在专督大工侍郎位置上，看看能否胜任。
如今一年多下来，何如宠证明了他就是个词臣。
此人操行纯洁高雅，与人无争，不轻于求进，而易于引退。
这种操守，虽然为时人推重，但是朱由检不需要这样的大臣在工部。
所以何如宠被转任都察院右都御史，用他清廉的操守，负责监察科道。
新的专督大工侍郎，是原任大理寺卿曹珖。
此人是万历二十九年进士，是从户部、兵部升上来的干才，还曾在河南、山东任职，拥有丰富的治政经验。
朱由检用他专督大工，做好天启皇帝的皇陵修建。
专督河道侍郎李从心，今年已经七十四岁，实在是有些力不从心。
他只能遗憾地放下治理海河事务，转任资政大臣。
新的专督河道侍郎，是原本的大理寺卿、现在的署理大理院掌院张九德。
他在宁夏治河颇有功绩，这次被加了议政大臣衔，负责河道事务。
朱由检勉励他治好海河、黄河，以后名列紫阁。
张九德因此深受鼓舞，对于从九卿中退出没有丝毫怨言。在数月前就开始接手李从心的工作，趁着今年旱灾继续整修海河。
六部之后的都察院，原本的左都御史王永光、右都御史成基命，都被转任为六部尚书。
在右都御史被任命为何如宠接任后，左都御史一职，朱由检选择王在晋担任。
此人是南京吏部尚书，而且曾担任过河道总督、辽东经略等职务。朱由检看他有点能力，调他进京任职。
左副都御史仍旧是张梦鲸，因为负责移民，如今还在出外差。
此人做事勤勉，也是朱由检最担心的大臣之一，惟恐这个人被累坏。
甚至朱由检已经开始物色人选，换个人担任移民大臣。
佥都御史之中，刘宗周被转任礼部右侍郎兼太学祭酒，朱由检选择高弘图，接任调查总署职务。
负责检察总署的杨所修，被朱由检调任它职。他空出来的职位，由东林党出身的程注担任。
接下来要对很多阉党成员定罪，朱由检应韩爌的请求，选择他负责调查总署。
负责审计总署的许宗礼、廉政总署的周延儒，职位没有改变。朱由检让他们加强合作，检举贪腐官员。
十三道监察御史也有调整，朱由检任命了很多三法司出身的优秀人才。
甚至有明法科进士，被提拔为御史。这让明法科的吸引力，进一步提升起来。
都察院之后的大理院，掌院由南京兵部尚书崔景荣转任。
此人是推官出身，符合任职要求。大理寺级别后，也适合尚书转任。
再加上大理院掌院是九卿之一，对他不算亏待。
原本的大理寺左少卿姚士慎，这次被提升为大理院协理院事，级别定为正三品。
右少卿周家椿则提升为左少卿，稍稍提升了一点，仍旧是负责审判总署不变。
空出来的右少卿一职，被朱由检安排推官出身的原验封司郎中吕维祺担任，负责审刑总署。
这个人是洛阳新安人，在洛阳讲学颇有影响力。
朱由检从牛金星那里得知后，把他起复到朝廷任官。
最后的九卿衙门通政司，通政使吕图南被朱由检安排了重任。
他被派去南京担任兵部尚书，把北京已经完善的五院制度，在南京推行下去。
通政使一职，朱由检属意杨所修担任。这个人之前就是因为被阉党廷推为南京通政使，选择反水投靠皇帝。
他也可以说是铁杆帝党，是朱由检的一把利刃。
但是这个任命，遇到的阻力很大。因为杨所修不但东林党不待见，阉党余孽也不待见他。
最终还是在朱由检的强推下，他才被推举为通政使，成为九卿之一。
杨所修对此感激涕零，更加清楚地知道，自己必须忠心皇帝。
五院剩下的理藩院，完全由朱由检任命，他选择黄立极担任掌院，孔贞运担任内藩部长、曹思诚担任外交部长，一同协理理藩院。
外藩部长周永春、宗正寺右少卿曾楚卿，同样也属于理藩院大臣。
至此，京城五院大臣，已经完全任命。
南京朝廷的很多官员，被充实到北京任职。
朱由检因此又对南京朝廷进行大规模调整，补充空缺官员。
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最重要的南京兵部尚书，朱由检选择了吕图南担任。用这个九卿中的帝党，加强对南京的控制。
他还被任命为南京枢密院佥事，负责南京朝廷的五院组建。
南京兵部右侍郎孙居相，这次被转任南京户部左侍郎。
他空出来的职位，被朱由检任命傅振商担任。
此人是群臣推举出的人才，曾任南赣巡抚，以“知兵善谋”闻名朝野。朱由检想在南京兵部的职位上，看看这个人的能力。
南京吏部尚书孙慎行，是红丸案的发起者，也是当前最有威望的东林党人之一。
朱由检之所以同意起复他，是看重他开国功臣后裔的身份。
孙慎行的祖先，是配享太庙的燕山忠愍侯孙兴祖。孙兴祖之子孙恪，还因为捕鱼儿海之功被封全宁侯，后来被蓝玉牵连而死。
如今朱由检给蓝玉案平反，并且给列入功臣庙的功臣后裔尽皆授予海外伯爵爵位。当然要抬出个代表，表明自己的诚意。