在传位时把去世的太子定为皇帝，彻底确定帝系，这是稳固太孙继承权的一个办法，但仍有风险存在。
宗正寺少卿曾楚卿就指出：
“嫡长房继承制下，不但嫡孙和庶孙的继承顺序在前，曾孙和玄孙的继承顺序，同样在嫡长子同母弟和庶弟之前。”
“晋庄王七十七岁薨逝，曾孙晋端王继位。”
“当今韩王，也是以世曾孙继位。”
“若发生这样的事情，臣恐天下不稳。”
朱允炆以太孙继位带来的后果，已经让大明君臣心有余悸了。
若是再出来个曾孙继位，他们心中会更加不安。
所以皇帝提出的确定继承顺位虽好，却不能完全打消人们的疑虑。
尤其是将来若诞生曾孙，曾孙的名字出现在前五继承顺位上，会让很多人不安稳——
有晋王和韩王以曾孙继位的先例在前，谁都无法否认，会不会发生太子和太孙都亡故、只能由曾孙的情况。
一旦这样的事情发生，对于天下来说，就可能是一场劫难。
而且朱由检更知道，随着医疗水平的进步，将来出现高寿的皇帝，是大概率事件。
熬死太子和太孙的可能，同样会因此增加。
如果按照继承顺位立曾孙、尤其是幼年的曾孙，恐怕不但天下人心会不稳，皇帝的权力也有可能失去——
万历皇帝幼年继位，导致张居正大权独揽，文官权力达到鼎盛。以至于后来一直和掌权的文官做斗争，最终也没能完全夺回权力。
朱由检之所以能够顺利掌权，还要感谢他的哥哥朱由校，用阉党把东林党打得七零八落，让他能从容收拾文官。
这样一个过程，朱由检是不想让后代再经历了，所以他问群臣道：
“那么众卿以为，应该实行哪种继承制？”
群臣议论纷纷，对此莫衷一是。
有的还是倾向唐宋的嫡长子继承制，认为古制最好。
但是更多人的却反驳，因为一个嫡长孙，会让嫡长子的位置不保险。
就像皇帝说的，礼法要防止人性之恶。害了嫡长孙就能让嫡长子没有继承人，对嫡长子同母弟和庶弟的诱惑太大了，必须要防止这一点。
但是曾孙继位的危险，又是实实在在的。皇帝毕竟不同于藩王，不能冒这个风险。
最终，刘宗周提出了一个办法，得到了很多人赞同：
“臣以为若是太子有子诞生，陛下可立其子为太孙，和太子同时存在，作为第三顺位继承人。”
“若是太孙不幸夭折或亡故，可按继承顺序，立太子其他子嗣为太孙。”
“只有无子孙可立时，方可立曾孙、玄孙。”
这样保障了太子的继承权，也能在很大程度上避免出现曾孙继位的情况出现。
朱由检对这个办法有点赞同，但他还是疑惑道：
“这样就不完全是按嫡长房继承制了，宗室、勋贵、文官荫叙继承办法，是否同样要改？”
有的人认为要改，因为皇室是天下典范，天下人都要模仿皇室。
有的人认为不能改，因为这样对曾孙不公平。而且晋王、韩王都以曾孙继位，难道现在说他们继承非礼？